Plusieurs années ont passé depuis le grand combat entre Madara et le premier hokage. Le sang du clan Uchiha n'est plus aussi pur qu'il le fut au commencement, par les nombreux mariages avec les non-Uchiha au fil des générations le sang ne fut plus aussi pur. Si bien que maintenant le Sharingan normal n'est possédé que par l'élite et encore moins possèdent le Mangekyou Sharingan.
La sombre histoire de ce clan, bien qu'elle ne soit connue que par
quelques membres, fut oubliée. Un temple Tengu fut battit sous le temple Nakano par quelques anciens du clan Uchiha afin d'y garder tous les secrets du clan, inclut le fait de tuer l'être que l'on aime le plus afin d'obtenir le Mangekyou Sharingan qui fut découvert par quelques anciens. Ce n'est qu'une fois passé à l'âge adulte et une fois
qu'ils se sont montrés dignes de confiance, que les Uchiha sont autorisés à accéder à cet endroit. Une fois le passé de leur clan connu, ils seront contraints durant toute leur vie de garder ce secret.
Il y a 16 ans de cela, un nouveau né vint au monde au sein du clan Makoto.D'un père étant le chef du clan et d'une mère exterieure au village portant le nom d'Uchiwa. Et dès son plus jeune âge il s'avéra que cet enfant était spécial. Il fut diplômé de l'académie en étant le
premier de sa classe à l'age de 4 ans, maîtrisa le Sharingan à 6 ans, devint chunin à 8 ans et leader d'une troupe d'ANBU à l'âge de 11 ans. Son nom est Shishio "Uchiwa" Makoto .
Shishio fut sélectionné pour faire parti des ANBU, sa mère jugea qu'il était temps de lui dire la vérité. Shishio apprit alors l'existence du Mangekyou Sharingan, l'origine de son véritable clan de la bouche de sa mère, et qu'il était le petit fils de Madara Uchiwa. Il avait donc recu comme heritage, la terrible puissance de son grand père!
Une nuit, alors que tous les membres du clan Makoto étaient
supposés se rassembler dans un lieu de rencontre secret pour organiser la prise du pouvoir de leur village.C'est la qu'ils furent piégés et assassinés, leurs maisons incendiées!
Teshio amena son jeune ami Shishio près de la rivière et soigna ses terribles blessures. La douleur et la haine de Shishio le poussa a tuer Teshio, l'être a qui il tenait le plus, et obtint ainsi le plus puissant des pouvoirs maudits : le Mangekyou Sharingan. Le jour suivant le corps de Teshio fut découvert accompagné d'un mot d'adieu. Mais comme vous vous en doutez, il n'était pas écrit de la main de Teshio mais de
celle de Shishio qui changea son style d'écriture grâce au Sharingan afin de maquiller ce meurtre en suicide, ce qui signifie que ce qui était marqué sur le papier retrouvé avec le corps de Teshio sont les sentiments de Shishio.
Vivant toujours avec la peur que quelqu'un puisse découvrir
le secret de son véritable clan, il se jura d'emporter son secret dans sa tombe. C'était la misérable vie de chacun des Uchiha. Shishio en avait assez. Il ne voyait pas de futur pour le reste du clan Makoto et ne comprenait pas pourquoi les Uchiha étaient si honteux de leur passé. Il ne comprenait pas pourquoi son vrai clan ne voyait pas leur
supériorité par rapport aux autres humains. Il ne comprenait pas pourquoi son clan décida de sceller un si grand pouvoir sans l'utiliser. Shishio perdit tout espoir pour le clan Makoto à cause de la pathétique voie qu'ils avait choisi.
Depuis ce moment là, Shishio avait un étrange sentiment de tiraillement. Mais il pensait qu'il était quelqu'un de plus spécial que n'importe qui. Et son esprit torturé alla plus loin, il pensa assassiner les survivants des Makoto pour effacer les faiblesses de ce clan sans futur.
Shishio mit alors ses paroles à exécution. Quand il apprit l'existence de l'organisation criminelle Akatsuki et qu'il prit connaissance de leur plan, il décida de les rejoindre. Il avait besoin de leur aide pour obtenir le pouvoir qu'il souhaitait tant. Mais ce n'est pas tout. Il voulait reconstituer un clan Uchiwa digne de ce nom!